覆膜發酵也叫一次發酵，過程包括升溫期、高溫期、降溫期。堆肥過程中，通過鼻聞判斷堆肥發酵進行情況，若產生酸、臭等過度刺鼻氣味，需及時調整含水量，使其發酵良好。
啟動設備；溫度、氧氣濃度等傳感器插入堆體中，連接控制系統。根據設備使用要求，啟動堆肥機。若膜無法鼓起，需要查找相應原因，若膜鼓起時間較長，需通風20~24h。

工程與選址
1、建設工程
主體工程至少應包括：預處理區、覆膜發酵區、二次發酵區等；工程可以包括：原輔料庫、產品檢測、成品庫等。選址應符合村鎮建設發展規劃、土地利用發展規劃和環境保護規劃要求。統籌畜禽養殖場（小區）區位特點，充分利用已建的堆肥處理設施，合理布局。覆膜發酵區要求地形平坦，地勢稍高，利于排水，通風良好，易機械作業，應遠離居民區或與居民區隔離。覆膜發酵區設在畜禽養殖區域內應符合NY/T 682的要求，即應設在養殖場的生產區、生活管理區的常年主導風向的下風向或側風向處。覆膜發酵區應采用水泥或防滲材料做防滲處理。
主體工程建設
a）根據處理能力合理規劃建立覆膜發酵區，合理布局通風管道。
b）畜禽糞便貯存設施應符合GB/T 27622的規定。
工藝流程
采用納米膜覆蓋反饋控制通風好氧發酵堆肥以及相關組合工藝，包括物料預處理、覆膜發酵、二次發酵、后處理、腐熟度判定等工藝環節。
堆肥前準備
原輔料準備
堆肥主要原料為畜禽糞便，輔料可選擇秸稈、食用菌渣、鋸末、谷糠、酒糟等農業廢棄物中的一種或多種。
堆肥原料中嚴禁混入下列物質：
1有毒有害工業制品及其殘棄物、城市污泥；2有化學反應并產生有害物質的物品；
3有腐蝕性或的物質；4易燃、易爆等危險品；5生物危險品和垃圾；
6危害環境安全的微生物制劑；7微生物菌劑選擇；接種的微生物菌劑應執行GB 20187中的相關規定。

堆肥方法
備料；堆肥前，根據畜禽糞便種類及其理化特性，宜加入農業廢棄物中的一種或多種作為輔料，如表3，調節堆肥原料含水率、碳氮比（C/N），并必要的孔隙度，便于提供良好的微生物好氧發酵條件，輔料的含水量20%以下為佳。預處理后堆肥物料的指標應符合表4要求。
1）為了節省輔料用量、提高發酵效果、降低成本，新產生的畜禽糞便一定先與輔料提前進行混合、靜置，充分吸水，待準備建堆時，再添生物菌劑并充分混勻。
2）畜禽糞便可以多種混合，但為了避免交叉感染，養雞場就地處理不宜用禽類糞便，優選牛糞、豬糞、羊糞等；養豬場就地處理不得用其他豬場糞便，優選牛羊糞；草食動物不得用其他草食性動物糞便。
3）羊糞可以直接發酵不需添加輔料，但羊糞發酵前用翻拋機、旋耕機、攪拌機等設備將餅狀大塊打散。

接種菌劑
選擇牛、豬、蛋雞、肉雞等不同畜種的微生物菌劑，腐熟菌劑每kg微生物菌劑處理2~3立方米的物料。若選用其他公司菌劑產品，需至少滿足堆肥中添生物含量宜在106/g以上，不得使用未經菌種安全評價或農業農村部登記的制劑，根據固體有機廢物類型及特點選用合適微生物菌劑。

覆膜；將納米膜完全覆蓋在堆體上，利用壓邊袋或其它方式壓實納米膜邊緣，保持邊緣不漏氣。注：在堆肥發酵前7天保持邊緣不漏氣，待發酵后期（堆肥12-20天）無臭味、溫度較高時，延長通風時間，可以根據情況，適當放氣膜處理鼓起緊繃狀態，跑水。

后處理及利用
將生產出的腐熟堆肥散裝或裝袋存放于防雨地方待售。制得的腐熟堆肥可進行粉碎、篩分、深加工等處理。經過納米膜好氧發酵獲得的腐熟堆肥可直接還田利用，應符合GB/T 25246的規定。生產商品有機肥料的，應符合NY 525的規定。生產生物有機肥的，應符合NY 884的規定。生產有機-無機復混肥的，應符合GB/T 18877的規定。